1. Свой файл настроек Settings.reg можно получить, запустив программу и воспользовавшись командой Параметры > Экспорт параметров в файл.
2. Свои темы распаковывать в папку Themes. Структура будет примерно такой: "Themes\Название темы\файлы bmp, ico и т.д."
2. Свой файл лицензии класть рядом с инсталлятором. Во время установки он будет автоматически скопирован в папку с программой (не относится к портативной версии).